ČESKÁ UROLOGIE / CZECH UROLOGY – 1 / 2021

21 PŘEHLEDOVÝ ČLÁNEK Ces Urol 2021; 25(1): 17–26 logie, v němž zásadní roli hraje koncept diverzity (blíže viz tabulka 2). Lidský MM je dle dosavadních poznatků z drtivé většiny tvořen čtyřmi hlavními kmeny (z celkových devíti, které byly v moči popsány): Proteobacteria, Firmicutes, Bacteroidetes a Actinobacteri a (8, 9, 10, 18) vlastní data autorů). V souvislosti s urogeni‑ tálním systémem bylo dosud popsáno 562 růz‑ ných bakteriálních druhů náležejících do 210 rodů a představujících 21,4 % prokaryotické diverzity lidského organismu. Celkem 350 (62,3 %) z těchto 562 druhů se vyskytuje i jako součást střevního mikrobiomu (18). MM se liší u obou pohlaví druhovou skladbou a zastoupením rodů z hlediska relativní abundan‑ ce. Velmi často dominuje mikrobiomu pouze je‑ den rod, který představuje většinu detekovaných sekvencí; analogicky ke střevnímu mikrobiomu, kde se hovoří o enterotypech, se u MM používá výraz urotyp (1). U 60 % žen dominuje MM rod Lactobacillus, u 22 % rod Gardnerella a u ostat‑ ních se vyskytuje směs různých druhů bez zjevné dominance jednoho z nich (19, 20). Biologický význam ani potenciální klinický dopad tohoto fenoménu není zatím zřejmý (14). Další rody, které bývají v ženském MM běžně detekovatelné, jsou (metodikou EQUC prokázané) Corynebacterium, Streptococcus, Actinomyces a Staphylococcus (8). EQUC je schopna odhalit 66 % bakteriální abun‑ dance zdravého ženského MM. Zbylé mikroor‑ ganismy detekovatelné pomocí NGS představují anaerobní rody Propionimicrobium, Varibaculum, Atopobium z kmene Actinobacteria; Peptoniphi- lus, Megasphaera, Finegoldia z kmene Firmicutes; a Prevotella z kmene Bacteroidetes (21). Mužský mikrobiom je dosud méně podrobně popsán než ženský. Jako dominantní rod se zpravidla uvádí Staphylococcus, Streptococcus a případně Coryne- bacterium (20, 22), dle našich vlastních dat se kro‑ mě nich (a v našem souboru častěji) vyskytovala Pseudomonas a Prevotella . Stabilita MM v čase je jednou z důležitých otá‑ zek, na které se bude muset zaměřit další výzkum. Data z HMP naznačují, že mikrobiomy jednotli‑ vých lokalizací v organismu jsou v čase stabilní (4). Vzhledem k fyziologickým změnám (včetně hormonálních) v procesu stárnutí se však vývoj MM dá předpokládat, byť dosavadní poznatky se v tomto ohledu rozcházejí (23, 24). Dle jedné studie se např. rody Jonquetella, Parvimonas, Proteiniphilum a Saccharofermentans vyskytovaly u obou pohla‑ ví výhradně ve věkové skupině 70+ (23), což ale např. naše vlastní data nepotvrzují. Vůbec první studií, která nabourala postulát o sterilitě zdravé moči, byla práce Siddiqui et al., kteří v moči osmi žen s negativním výsledkem standardní kultivace detekovali a metodou pyro‑ sekvenování (původní technika NGS před zavede‑ nímmasivního paralelního sekvenování) dešifrovali bakteriální 16S rDNA. Nejvíce zastoupené kmeny byly kromě čtyř výše uvedených ještě Fusobacteria a nejčastějšími rody byly Lactobacillus, Prevotella a Gardnerella (3). Další prvenství, tentokrát pro de‑ tekci MM metodou EQUC, patří týmu Hilt et al., Tab. 2. Koncept diverzity a další vybrané pojmy používané v popisu mikrobiomu (38). OTU – operační taxono- mická jednotka, blíže viz text Tab. 2. The notion of diversity and other selected terms explained (38). OTU – operational taxonomic unit, see text for details diverzita rozmanitost zastoupení mikroorganismů ve vzorku alfa-diverzita = rozmanitost druhů v rámci vzorku (měřítkem alfa-diverzity jsou např. Chao index a dále také Simpsonův a Shannonův index, které berou v potaz druhovou bohatost (richness) i druhovou vyrovnanost (evenness)) beta-diverzita = rozdíly v zastoupení mikroorganismů mezi více vzorky (měřítkem beta-diverzity je např. Bray-Curtisův index nebo Sørensenův index) abundance počet jedinců ve vzorku; relativní abundance = poměr počtu jedinců dané OTU k celkovému počtu mikro‑ organismů ve vzorku richness bohatost – celkový počet odlišných OTU ve vzorku (záleží na hloubce sekvenování) evenness vyrovnanost – rovnoměrnost zastoupení OTU ve vzorku; dokonalá vyrovnanost nastává, pokud každá OTU (nebo obecně každá kategorie) ve vzorku má stejný počet členů