485
20223226014562121
PŘEHLEDOVÝ852207016974156235334409485586692777867
ČLÁNEK1757207016989163260360438521
Ces8507936014570127174
Urol10497936014578115180208
2021;12827936014562121178233249
25(1):15567936014562122153207231253
17–2618357936014561112166221279
EQUC850898013151124193255
zůstává,1131898013141100140176227275326346
že150289801314294
organismy162289801315689147197256279319408455
vyžadující2103898013147100147199259317340363412435
ke256489801314496
svému268689801313890142232290
růstu850104801313292133170229
jiné1105104801312246105160
podmínky12911048013159120182273296356403457
nebo17741048013157112173234
speciální20341048013140101156208231282306365389
živiny2449104801314267118142202250
se2725104801313994
ani28451048013148108132
touto850119801313492152188246
robustní1123119801313391154214256292353377
metodou15261198013191146181239302362422
vykultivovat19751198013150104153213237273297349408458510545
nepodaří.25461198013159115176238300351385409430
Druhý10001348013171106166226274
způsob13011348013150113173214274337
zkoumání1664134801315099158218309360420444
MM21341348013192179
využívá23391348013156110171217241293345
jednu2710134801313084147207266
z8501498013144
přelomových919149801315891143167226316375424477525584
technologií1528149801313284134192251310334393454477500
molekulární20531498013187146171224271330353403435495518
biologie:2596149801315882140165223284308361380
sekvenování850164801314195142196249308368417469528551
nukleových14261648013157115162188242302352405454513
kyselin.1965164801314497139193217240299320
Protože2310164801315385143177234278331
většina26661648013148101135178201260310
z8501798013144
nás9201798013158109150
nesekvenuje10971798013157112154210257312366426485509564
nukleové16871798013158117164190245306357410
kyseliny2124179801314598141196221244304352
každý2502179801314598145204255
den,27831798013158113173193
připomeneme850194801316194119180242333388448503594649
si1526194801313962
základní1614194801314396143170220282342365
princip:2005194801315993118178228252314333
DNA23641948013170141206
polyme‑25961948013159121146196288343380
ráza850209801313385132185
syntetizuje10622098013151103164198252287312358419443498
nový15872098013169130180235
řetězec1848209801314397132186232286338
komplementární22132098013157116208270295351442498558592644678739763
DNA8502248013171142207
dle1083224801315781136
existujícího12452248013151101125166202262286309359382444504
templátu1775224801313285176237262312346405
a22062248013148
pořadí22802248013159120154205266290
inkorpo‑2596224801312180127186220282343380
rovaných850239801313392143195256304354415
deoxyribonukleotid‑fosfátů12912398013171127188236290326351413475536596644670726787822847909945976103610781111116411981259
dešifruje25762398013171126169193224259320345400
konkrétní8502548013147106166214249303338399423
DNA12992548013180152217
sekvenci15432548013150105153208262322373397
(10).1966254801313988138167184
Namísto21762548013180131222246287324382
jednoho2584254801313388150210271332392
si850269801314266
nyní9432698013170119181206
představte11752698013172107162225267305358408448503
miliony170526980131101126150175236297346
různých20782698013144105152214263314375
fragmentů2480269801313975128191283340401436496
DNA8502848013170141204
sekvenované1080284801313993140193246305364414464523577
paralelně16832848013158109141192216270294352406
v21152848013147
jednom2187284801312275137195255345
okamžiku25572848013156103155245290314360419
na8502998013159110
čipu986299801314973134195
velikosti12072998013149103128152199258300337361
dvou15952998013159111170230
sim‑karet1851299801314164155191240293326380415
v22932998013149
plně2368299801316186145201
automa‑25952998013149109144203294345381
tizovaném850314801313459106165216269330386478
systému,13553148013152104147184238330391411
který1793314801315797151185240
zkrátí20593148013155105141193228253
dobu23393148013171132195256
zpraco‑26223148013155118153206257316354
vání8503298013150102163187
vzorku10633298013160109168203251312
od14013298013169132
odběru15603298013169132194250284345
po19313298013171133
kompletní20913298013157116208270296351387447471
přečtení25893298013171105159211249303363387
genetické8503448013160115175230266290340388442
informace1318344801312685115175209301352403456
na18003448013162113
řádově1939344801313587149209260314
hodiny.22793448013162122185209268317332
V26383448013158
rámci2723344801313587178229253
jednoho850359801312479142203263325386
pracovního12623598013172106159210269320382406469530
cyklu18183598013160113162189249
(tzv.2093359801314074123178195
runu)23143598013143104165224252
přístroje25933598013171106130172209243303328383
Illumina85037480131234771130222246305356
MiSeq,12333748013189113164220282303
který1562374801315089142176230
je1818374801312782
v19263748013154
současnosti20063748013145105165216268309369430472508533
nejužíva‑25653748013163118142201247272323375411
nější8503898013160116141183207
platformou1084389801317298150185220280316409471533
NGS16443898013181153206
(11),1877389801314191135158177
lze2081389801313481136
takto2244389801314598146186246
zpracovat25173898013155119154207259319370423459
DNA8504048013172145211
z10884048013156
desítek11714048013171127170194231285334
vzorků15324048013161110170205254315
různého18744048013144105152214271332394
původu22954048013172133185246309370
a26924048013161
bio‑2780404801317297158196
logické850419801312384146170220268322
povahy11984198013165126176228289337
(12).1561419801313383129158175
Detekce17624198013175131166220268317370
bakterií21584198013165117164203257290315339
technikou2523419801313891143203263286334393453
sekvenování850434801314196144198252312372422474533557
je1433434801312277
založena1536434801314295119179224277337388
na19504348013157108
existenci20844348013151101125166203256316366390
DNA,25004348013169141206228
která2754434801314584137170222
se850449801314196
vyskytuje9734498013153108150197251291351375430
pouze14294498013165126186233286
u17424498013162
prokaryot1830449801316599158206259293347406441
a22974498013154
nemůže23774498013163119210269315368
tedy2772449801313891153204
být8504648013160108147
obsažena10224648013156117158209255307366415
v14634648013147
žádné1535464801314294154213267
lidské1827464801312144104144190243
buňce.20954648013158117176225277296
Jde2416464801313696150
o25914648013156
vysoce26734648013147100141200251303
konzervovaný8504798013147106166213266300355414465517577625
gen15014798013167122182
pro17094798013168102161
16S18964798013160109160
rRNA2082479801314097169234
(r2342479801313667
jako2435479801313081128187
ribozo‑2649479801313964125187231290327
mální),8504948013189139163221244279296
který1172494801314482134167219
však1417494801314788140186
v16294948013147
sobě1701494801313998159214
obsahuje19414948013156117158209268326350403
hypervariabil‑23704948013156103165220253307358390414464524548572606
ní850509801315881
regiony957509801313083144167226285333
V113155098013154106
až1446509801314893
V9.15655098013153107123
Unikátnost17145098013166124148194246279339398439475
hypervariabilních22145098013157104166221254308359391415465525549573631654703762
regionů850524801313387150175236297357
se12345248013151107
využívá13685248013161116177224249301354
při17495248013171106131
NGS19065248013182153206
k21395248013157
taxonomickému2223524801314497147207268330422447498546601693753
zařazení850539801314497131183229283343367
mikroorganismů12435398013193117164200258320354414465525549590681740
(13).2009539801313181128155172
Nevýhodou3353898013169124174227287346407467526
NGS3904898013168137188
je,41178980131227694
že423689801314295
metoda4356898013188142176233295345
není4726898013157111170193
kvantita‑494489801314498149208241265300350385
tivní3203104801313458108169192
(proto3421104801312789123181215272
vždy3719104801314896155205
hovoříme39501048013157116166225258282372427
o44031048013156
„relativní4485104801313165118142192226250301361385
abundan‑48961048013147109168227288339398433
ci“,3203119801314973108121
tj.335011980131396384
procentuálním3460119801316599158210263323357417468492552576667
zastoupení41531198013149102144180239299360417477501
sekvencí46801198013145101148203257317368392
nále‑50991198013163114138193230
žejících3203134801314498122146196220270330
určitému3559134801316498147170206259350410
druhu,3995134801316599159219278299
vztaženému43201348013155104143195242295355411502561
k49071348013153
celkové49861348013155108132179239289343
kvantitě32031498013146100151210243267301353
DNA35821498013168139203
ve38101498013148101
vzorku3936149801314895153186234293
–42541498013153
obr.43331498013156117150166
1)4525149801315173
a46231498013148
krom4696149801314479137227
toho4949149801313189148208
ne‑51821498013157111147
lze3203164801312369123
s33521648013139
jistotou341816480131224586123181216274334
říci,3778164801313155106129149
že3953164801314397
detekované40761648013158113148201249308358410470525
fragmenty4628164801312762114175266322382416469
DNA51231648013170141206
pocházejí32031798013160119170228277323375398421
z36491798013141
aktuálně3716179801314793131189238262320373
živého4114179801314265115168227285
mikroorganismu44251798013186109155189246306339397447505528568656714
(14).5164179801312775122149165
NGS32031948013171143197
je3427194801313591
dále35451948013172124149206
zatížena37781948013156110146171218273335387
řadou4192194801314497160222284
metodologických450319480131102159195255319381407469533558610658714765826
pastí32032098013161113155192216
a34452098013160
nejasností35312098013169124148199241300361403440464
(11),4021209801313989132154172
jejichž4219209801313388112136187247293
rozbor45382098013142101146208270304
leží4868209801313388135159
mimo50542098013199123214275
zaměření3203224801314497188244276330390414
tohoto3643224801313694155215250308
článku.3978224801315175126186233294314
Zpracování33532398013159121155208259317368420480504
těžko3884239801314497144192252
představitelného41622398013171105159222263300352402428463517542602657718778
objemu49672398013169131156211303362
generovaných32032548013161117178235269329381434495545595657
dat38872548013171123158
je4072254801313591
vyhrazeno41902548013161116178213266314369430492
softwarovým47092548013152113145186271324359419470526620
algoritmům3203269801315074135195229254289380439530
(15),3759269801312777123152170
s39552698013139
jejichž4020269801312277101125175234280
pomocí43272698013159120211271323347
se4700269801313994
vzniklé4820269801314897157181228254309
sek‑5155269801314095142174
vence32032848013149102160210262
filtrují349028480131275174109142201224247
dle3763284801315780134
délky,39222848013157111135181233248
odstraňují41952848013156117157193226277335393416439
artefakty4659284801314880118170199251297335388
a50722848013147
pro‑5144284801315892149185
kazatelně3203299801314697142193226277301358411
reálné3639299801312981130153210264
úseky3928299801315494147193245
DNA41982998013167137200
se4423299801313790
nakonec45382998013155104150207266319369
porovná‑49322998013157116149206254314363397
vají32033148013149100124147
(opět3375314801312783144199233
automaticky36333148013148106140197287337371394444490543
a42013148013147
online)42743148013156115139162220274301
s46003148013139
mezinárodními46643148013187142187211270319352410471529553642665
databázemi32033298013159108142192252303348400490513
DNA37413298013168138201
všech3967329801314788142192250
dosud42433298013157115156213273
známých45413298013142101151240287335393
mikroor‑49603298013186109155190247306339369
ganismů.32033448013159110169192233322381399
To36283448013149102
umožňuje37553448013157147206250310368392446
taxonomické4227344801313283132190250310400424474520573
zařazení4826344801314295127178225278337360
do52123448013157117
tzv.3203359801313483138153
operačních33833598013158120176210262313373397447507
taxonomických3916359801313485135194255315407431481529583632692
jednotek4635359801312378140200261295348396
(OTU).50573598013129102153225255272
Dle3203374801317196151
kontextu33803748013145103163197250299338397
může38033748013188147193246
OTU40753748013172122194
představovat4295374801315992145207249285336386445495546580
druh,4901374801315892152211231
rod,5158374801313189151171
čeleď32033898013149102127182245
–34743898013162
podle35623898013167128191215270
toho,3858389801314199160220239
jak4123389801313081128
podrobně42783898013167128191224283345406461
byla47653898013167117142193
DNA49843898013178149214
ze52253898013150104
vzorků3203404801314996153186233292
sekvenována3520404801313892138192244303362411461520569
a41144048013147
jak4187404801312170116
jsou4328404801312161120179
získané4532404801314165105151202261314
fragmenty4872404801312660111171260313372405457
specifické32034198013140100154204227256280329375427
(pro3655419801312787120177
konkrétní38574198013143101159205240292325384407
druh,4289419801315688147205224
rod4538419801313087147
či4711419801314568
jen4804419801312174132
řád4961419801313080140
atp.).5126419801314780140159187203
I33534348013123
tak3400434801313181126
zůstává35504348013142100139173223270320
enormní38944348013151109167199289347368
množství42864348013187145203246288323375398
informací,4708434801312078105163195284333382404422
k51544348013143
je‑5221434801312173108
jichž320344980131234491148191
zpracování3417449801314099130179227282329377434455
byla38954498013156102125172
vyvinuta4091449801314596148170226282315363
řada4477449801312877135183
biostatistických4683449801315678135174207256287308346380401448493543590646
metod32034648013188140171225284
využívaných3510464801314494150193214261310365410455511
původně40444648013155111158213272328379
v44464648013144
mikrobiologii45124648013184105148180235293314370392448506527547
a50824648013144
eko‑5149464801314892147180
logii,3203479801312379138159180196
které3422479801314278127157207
jsou3652479801311957114170
založeny3845479801314089110167208258314359
na42274798013154101
modelování43514798013184141200251273329376425481501
a48754798013145
konstruk‑4943479801314297154192226256313357386
ci3203494801314971
hypotéz32984948013155101162221254305349
spíše3671494801313897119161214
než39094948013156109153
na40864948013155104
tradičním4214494801313162112172194242299321410
statistickém4648494801313772122154176215249271320365417506
po‑51784948013157116151
suzováním3203509801314197142198246296354376465
pravděpodobnosti3692509801315890140187246298358417477535596654712752787809
neplatnosti45255098013157110169192241273331390430464486
nulové50355098013157114136194242294
hypotézy.32035248013158103162219251300343394406
K36325248013150
popisu37055248013155113171193231286
mikrobiomu40145248013184105149181236294316372459515
potom45525248013155113144199286
používáme48615248013156113169212233281330416468
názvosloví32035398013158105148199254293313369416438
opět36635398013154112164195
převzaté3881539801315586135182227276307356
z42605398013139
buněčné43225398013155112168219266322373
biologie4718539801315577132154210269289340
a50815398013145
eko‑5149539801314792146180
0%91074730873380
20%87771330873366112
40%87767920873366112
60%87764520873366112
80%87761120873366112
100%8445771087336699145
11105755307729
21244755307729
31383755307729
41522755307729
51661755307729
61800755307729
71939755307729
82078755307729
92216755307729
10234175530772958
11248075530772958
12261975530772958
13275875530772958
14289775530772957
15303675530772957
16317575530772957
17331475530772957
18345375530772857
19359175530772958
Proteobacteria12637656091355892115148183218250277299332356372404
Firmicutes18027656091304669122138165200223255281
Bacteroidetes22197656091366896118151174209225260293315348374
Actinobacteria27287656091396789105140175210242269292324347364395
Jiné32597656091223873105
Obr.38296892013781151196221
1.40746892013778104
Graf42376898013167100153182
relativní4441689801314692115172205228276334357
abundance48206898013170127185243300357416463509
kmenů38297048013147137185243299
zastoupených41497048013152107144177231289346394452497543600
v47707048013155
1948467048013159103
vzorcích49707048013155101155188232255302359
moči38297198013187142187208
(vlastní405771980131297294148184215270291
data43687198013155110140192
autorů)45807198013155110140193224278303
Fig.3829734201375886150178
1.4029734201375780
Relativa4164734801315398120173203224269321
abundance45057348013152105160215269323378422465
graph4989734801315282133187242
of5251734801315178
phyla38297498013155111154175229
represented4078749801312872127158202239284340370413468
in4566749801311975
194660749801314890
urine4770749801315383104159205
samples4995749801313589175229251297334
(original3829764801312980111132186208263317339
data)41887648013155109140192218
100777576901074483129
%9265769010766
80818609801074489
60817644501074489
40817677101074489
20819713201074487
%9267132010766
08627465010744