Ces Urol 2022, 26(4):242-249

Detekce mikrobiomu horních močových cest u pacientů s urolitiázou: studie proveditelnosti

Jan Hrbáček¹, Vítězslav Hanáček¹, Vojtěch Tláskal^{2, 3}, Martina Saláková⁴, Pavel Čermák⁵, Ruth Tachezy⁴, Roman Zachoval¹

¹ Urologická klinika 3. lékařské fakulty Univerzity Karlovy a Fakultní Thomayerovy nemocnice, Praha

² Ústav půdní biologie a biogeochemie, Biologické centrum AV ČR, České Budějovice

³ Mikrobiologický ústav AV ČR, Praha

⁴ Katedra genetiky a mikrobiologie, Přírodovědecká fakulta Univerzity Karlovy, Praha

⁵ Oddělení klinické mikrobiologie Fakultní Thomayerovy nemocnice, Praha

Hrbáček J, Hanáček V, Tláskal V, Saláková M, Čermák P, Tachezy R, Zachoval R. Detekce mikrobiomu horních močových cest u pacientů s urolitiázou: studie proveditelnosti.

Cíl: Zjistit, zda existuje mikrobiální osídlení horních močových cest (HMC) a pokud ano, tak liší‑li se od mikrobiomu dolních močových cest (DMC).

Materiál a metoda: Soubor tvoří pacienti podstupující endoskopický operační zákrok v anestezii pro litiázu HMC. Moč z močového měchýře byla odebrána aseptickou katetrizací, z HMC cystoskopicky zavedeným ureterálním katétrem. Po izolaci DNA byla bakteriální 16S rDNA sekvenována na platformě Illumina MiSeq a získaná data zpracována příslušnými bioinformatickými nástroji. Část izolované DNA byla využita k detekci virových nukleových kyselin pomocí kvantitativní polymerázové řetězové reakce (qPCR). Párové vzorky vždy z HMC a DMC byly porovnány z hlediska struktury bakteriálního společenstva a přítomnosti vybraných DNA virů.

Výsledky: Zařazeno bylo devět pacientů (8 mužů a 1 žena) průměrného věku 49,7 let, z nichž u osmi byla provedena sekvenace bakteriálních nukleových kyselin a u sedmi qPCR na přítomnost sedmi běžných DNA virů. Bohatost a diverzita mikrobiomu (alfa diverzita) HMC a DMC nebyla statisticky významně odlišná. Struktura mikrobiálních komunit z HMC a DMC (beta diverzita) vykázala větší podobnost v rámci jednoho pacienta, než byla podobnost všech vzorků HMC, resp. všech vzorků DMC. Virová DNA byla detekována jak v HMC, tak v DMC.

Závěr: Výsledky naší pilotní studie poukazují na přítomnost bakteriálního a virového osídlení horních močových cest u pacientů s urolitiázou.

Klíčová slova: Lidský mikrobiom, horní močový trakt, virom, ledvina, močový měchýř.

Vloženo: 31. říjen 2022; Revidováno: 25. listopad 2022; Přijato: 25. listopad 2022; Zveřejněno online: 28. listopad 2022; Zveřejněno: 8. prosinec 2022